公司克扣员工工资是不合法的，员工可以通过协商或请工会或第三方与公司协商解决，若协商不成可向劳动部门申请调解仲裁。根据《劳动争议调解仲裁法》，劳动者与用人单位因工资等问题发生争议适用该法，劳动者可与用人单位协商或请第三方协助，无法达成协议可向调解组织申请调解，调解不成可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁裁决不服可向提起诉讼。
法律分析
公司克扣员工工资是不合法的。员工可以和用人单位协商或者请工会或者第三方共同与用人单位协商，协商不成的向国家劳动部门申请劳动争议调解仲裁。
法律依据：
《劳动争议调解仲裁法》第二条
中华人民共和国境内的用人单位与劳动者因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议，适用本法。
第四条
发生劳动争议，劳动者可以与用人单位协商，也可以请工会或者第三方共同与用人单位协商，达成和解协议。
第五条
发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民提起诉讼。
拓展延伸
公司经理扣取员工工资，缺乏明文规定，雇佣合同是否有效？
根据法律规定，雇佣合同是雇主与员工之间的法律约定，扣取员工工资的问题需要根据合同条款来判断。在公司经理扣取员工工资的情况下，如果雇佣合同中没有明确规定相关扣款事项，那么这种行为可能被认为是违法的。根据劳动法的原则，雇佣合同应当保护员工的权益，合同条款应当明确规定工资支付方式和扣款事项。如果合同缺乏明文规定，公司经理扣取员工工资的行为可能被视为违法。因此，建议受影响的员工与专业的劳动法律师咨询，以便进一步了解自己的权益和采取合适的法律行动。
结语
合理维护员工权益，合同明确工资支付方式和扣款事项至关重要。根据《劳动争议调解仲裁法》规定，员工可与用人单位协商解决，或请工会或第三方共同协商。如协商无果，可向国家劳动部门申请调解仲裁。雇佣合同应保护员工权益，若合同未明确相关扣款事项，公司克扣员工工资可能违法。建议受影响员工咨询劳动法律师，了解自身权益并采取适当法律行动。
法律依据
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第四章 劳动合同的解除和终止 第四十条 【无过失性辞退】有下列情形之一的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同：
（一）劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的；
（二）劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的；
（三）劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经用人单位与劳动者协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的。
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第七章 法律责任 第八十九条 【不出具解除、终止书面证明的法律责任】用人单位违反本法规定未向劳动者出具解除或者终止劳动合同的书面证明，由劳动行政部门责令改正；给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第四章 劳动合同的解除和终止 第三十七条 【劳动者提前通知解除劳动合同】劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。
